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根据上述职责,市海洋与渔业局设9个内设机构:
(一)办公室(计划财务处)
综合协调局机关和直属单位相关工作,督促重大事项活动的落实;负责局机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、政务信息公开、机关内部规章制度建设等工作;负责起草重要综合性文件、文稿工作;协调局机关效能建设;组织协调宣传、信息化建设;负责局机关行政后勤事务与保障工作;负责海洋与渔业(含渔港)重大建设项目和技术改造项目的审核申报、项目建设监督管理等相关工作,组织编制部门预决算,管理行政事业经费和专项资金,承担系统统计和产业信息工作,指导、监督局属单位财务工作,负责局机关和局属单位基本建设、国有资产管理、政府采购和内部审计工作。
(二)政策法规处

拟订海洋与渔业发展战略和政策;负责重大决策合法性的论证;指导海洋管理体制、渔业体制改革和行政执法体系建设;负责推进海洋与渔业法制建设和协调依法行政工作;组织拟订海洋与渔业地方性法规、规章,提出拟订涉海法规规章的建议,负责局机关规范性文件的合法性审查;组织协调海上联合执法,监督海洋与渔业行政执法,监督行政执法责任制实施,负责行政应诉工作;组织研究维护国家海洋权益的对策与措施,承办并组织协调处理重大海洋与渔业权益纠纷,处理涉外渔事案件;负责海洋与渔业政策法规咨询和法制对外宣传、执法人员培训工作。
(三)海域与海岛管理处
负责拟订并组织实施海洋功能区划、海域开发利用总体规划和无居民海岛保护与利用规划,负责海域与无居民海岛使用的审核、论证评估、权属登记工作,依法负责管理海洋自然资源,依法负责本行政区毗邻海域采砂临时用海的监督管理,承担海域勘界工作和无居民海岛名称及其标志设置,负责本行政区毗邻海域的海洋权益争议调解,办理海域使用金征收和减免,负责海底电缆和管道管理工作。
(四)资源环境保护与观测预报处
组织拟订海洋环境保护与整治规划,拟订陆源主要污染物排海标准,拟订并组织实施总量控制制度;组织全市海洋资源环境监测、监视网络建设,负责海洋与渔业水域资源环境的调查、监测、监视和评价,并发布海洋环境质量公报和海洋专项环境信息;负责专项海洋环境安全保障体系建设工作;负责防止海洋开发和海洋工程、海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护,调查处理渔港、海洋和淡水渔业水域污染事故;负责审核新建、改建、扩建海岸工程建设项目环境影响报告书;负责核准新建、改建、扩建海洋工程项目环境影响报告书;负责海洋工程建设项目环境保护设施的“三同时”制度的监督实施及检查、批准、验收;组织开展海洋与渔业领域节能减排工作。

负责拟订海洋观测预报体系发展规划并组织实施,负责组织全市海洋观测网络建设工作,承担对海洋平面、海水入侵和海岸侵蚀灾害的调查、监测与评价,承担海洋观测、预报、评价及信息发布工作,编制海洋灾害公报,组织编制并实施海洋灾害应急预案,指导海洋灾害的海洋生态环境影响评估工作。
(五)渔业管理处
负责渔业经济调查,拟订渔业发展规划、计划,提出产业政策建议,指导渔业产业结构、布局的调整及产业化工作,负责渔业产业开发管理工作;拟订渔船、渔港相关的政策规定,承担渔港经营的审批、审核、申报与监督管理工作,监督管理渔业船舶,监督管理渔船污染物、废弃物集中收集处理;监督管理渔情信息和渔具、渔法,监督实施渔业许可制度、伏季休渔制度;指导、协调开发外海和远洋渔业工作,负责远洋渔业企业资格审核、申报工作;监督管理海域、滩涂增殖放流工作,监督管理水产种质资源开发利用、品种选育、培育及苗种生产、进出口、质量检验和检疫工作;监督管理渔业行业各类产品、饲料、渔药及其投入品、渔船、渔机产品的使用和质量与技术标准化工作;负责水产品质量安全督查工作,指导水产品加工与流通,参与品牌培育和市场体系建设;负责水产养殖病害防治网络体系的规划与建设管理,协助指导水产品市场的规划与建设,实施城市水产品菜篮子工程;负责审核、编报渔业专项建设(不包括基建)项目,组织指导渔业灾后恢复生产工作;监督管理行业安全生产,负责全市渔业突发事件应急指挥、处置、救援等综合协调和监督管理工作。
(六)科技与海洋经济发展处
拟订和组织实施海洋经济发展规划、海洋与渔业行业科技发展规划,组织实施“科技兴海”、“科教兴渔”战略;负责海洋与渔业行业重大科技攻关和高新技术研究、推广及成果转化工作,指导海洋科技创新和海洋战略性新兴产业的发展;组织实施国家海洋行业标准工作,拟订和实施地方海洋行业标准工作;负责组织海洋基础与综合调查,负责组织实施海水利用和海洋可再生能源技术研发、应用,负责开展科技服务和科普活动;负责本行业科技成果的评审、奖励审查和管理;承担涉外海洋科学调查研究活动的监督管理工作;组织综合核算海洋经济,研究分析、评估海洋经济的运行;承担海洋研究的综合协调工作,负责海洋专家组的服务工作;指导海洋与渔业行业社团的工作。

(七)外经外事与国际合作处
负责对外、对台海洋与渔业经济、技术交流,负责出国团组申报工作和涉外事务;负责筹备国际海洋周等重大国际交流与合作活动;综合管理国际合作项目,负责海岸带综合管理示范项目的管理、协调和工作计划的执行,监督各子项目的实施;指导、协助“厦门海岸带可持续发展国际培训中心”开展工作;承担PNLG(东亚海岸带可持续发展地方网络)厦门秘书处工作;负责与国家海洋局、PEMSEA(东亚海域环境管理区域项目组织)的联络与协调工作;组织与国际、国内沿海城市在海洋综合管理领域的交流与合作。
(八)厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区管理委员会办公室
负责厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区的管理工作;宣传贯彻国家有关自然保护区的法律法规、规章和方针政策;拟订厦门珍稀海洋物种自然保护区的总体建设规划并组织实施;监督检查各海洋类自然保护区管理机构履行各自职责;拟订和组织实施开发利用保护区资源优势的措施,提高其社会和经济效益。
(九)人事处

承办局党组的日常工作;协助局党组管理局机关和直属单位领导班子及干部队伍建设;负责局机关和直属单位的机构编制、人事、劳动工资的管理工作;负责出国(境)人员政审工作;负责局机关思想教育和政治学习、安全保卫、综合治理、计划生育及民兵预备役、海上交通战备工作;负责局机关离退休干部工作,指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委
负责局机关和直属单位的党群工作。
山东省海洋与渔业厅下属机构包括:
山东省淡水水产研究所:负责淡水渔业新品种引进、苗种繁育、养殖技术研究,以及淡水渔业资源、饲料与病害防治等工作,并承担内陆渔业水域环境的监测任务。山东省海水养殖研究所:专注于海洋经济动植物的苗种繁育、新品种引进、增养殖、病害防治、海洋食品加工和养殖生态环境研究。山东省海洋水产研究所:致力于海洋渔业资源调查、增养殖技术、渔用饲料等多个领域的研究,并承担水产品质量的检验检测任务。山东省海洋捕捞生产管理站:负责涉韩、日水域渔船捕捞生产的管理与服务,海洋渔业资源增殖,以及信息的搜集与传递。山东省渔业技术推广站:负责渔业技术推广、培训,指导全省渔业技术推广体系建设,同时负责水产职业技能鉴定和水生动物防疫检疫工作。山东省海洋与渔业厅外经项目办公室:负责对外经济联络和国际援助项目的管理、协调与服务。机关服务中心:专注于厅机关的后勤保障工作。山东省渔政监督管理处:负责渔业资源保护、渔业许可制度监督、休渔制度执行等工作,同时也承担渔业环境监测和渔业违法行为查处等职责。中华人民共和国山东渔业船舶检验局:负责渔业船舶检验、登记、渔港监管和船员管理工作。山东省海洋与渔业信息宣传中心:负责海洋与渔业信息的处理和管理,指导全省信息网络建设,以及海洋与渔业的宣传工作。山东省水产设计院:在冷库、空调、渔港工程和水产品加工工程设计等方面提供服务和咨询。

根据以上职责,省农业委员会设18个内设机构:(一)办公室。协调处理机关日常工作,负责文电、机要、信息、宣传、保密、信访、档案和政务公开工作;负责重要会议的组织、重点工作的督查督办工作;承担重大突发事件应急综合管理和行政审批窗口管理工作;协调农业行业安全生产和防灾减灾工作。(二)综合处(新农村建设办公室)。承担省委农村工作办公室和省新农村建设领导小组办公室日常工作;组织开展农业农村政策的调查研究,拟订农业农村经济发展和产业支持保护政策,提出深化农村经济体制改革的建议;组织起草有关综合性报告、文件。(三)人事处。承办机关和直属单位机构编制、人事管理工作;指导农村实用人才队伍建设,承担农业系列专业技术人员职称评审有关工作;指导农业行业职业技能鉴定以及国外智力引进工作。(四)财务处。提出扶持农业农村经济发展的财政、税收、信贷和保险等有关政策建议;编报部门预算并组织实施;承办委管各项资金、国有资产管理工作;指导直属单位的财务和国有资产管理工作。(五)法规处。起草农业农村经济地方性法规规章草案,承担机关规范性文件的合法性审核工作;指导协调农业行政执法及体系建设,承担农业法制宣传、行政复议和行政应诉工作。(六)发展计划处。拟订农业农村经济发展战略、中长期发展规划和年度发展计划;提出农业开发、农业产业布局和农村经济结构调整的规划建议;承担农业固定资产投资的有关工作;承办省江淮分水岭地区综合治理开发领导小组办公室的日常工作。(七)市场信息处。拟订农业信息体系和大宗农产品市场体系建设规划并组织实施;提出大宗农产品和重要农业生产资料的流通及价格的相关政策建议;参与指导农业生产资料市场体系建设;监测分析农业农村经济运行和农产品价格动态;承担农业统计有关工作,发布农业农村经济信息,指导农业信息服务;指导农产品品牌培育、保护和发展;组织协调菜篮子工程。(八)科技教育处。拟订农业科技、技术推广的规划和政策措施,组织实施科教兴农战略;承担农科教统筹协调工作;管理推广农业科技成果;协调农业生物物种资源和动植物新品种的保护管理,承担农业转基因生物生产加工许可工作;指导农业职业教育工作,协调农业专业技术人员的继续教育,组织开展农民科技培训;参与农村劳动力监测工作;协调农业社会化服务体系建设。(九)外事外经处。承办农业对外合作交流工作,参与农业对外贸易和援助有关工作;按管理权限承担农业利用外资项目的有关工作。(十)农业产业化指导处(省农产品加工办公室)。拟订农业产业化经营、农产品加工业发展规划和政策措施;指导农产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设;指导农业产业化经营体系建设,协调落实扶持政策。(十一)农村经营管理处。提出稳定和完善农村基本经营制度的政策建议;指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理;指导农村集体经济组织建设及财务、资产管理;监测分析农民收入情况;承担监督减轻农民负担和村民筹资筹劳管理工作;参与农村综合改革和农村社会事业发展工作。(十二)合作经济指导处。拟订农村合作经济组织发展规划和政策措施;指导扶持农村合作经济组织、农民专业合作社和农产品行业协会建设,协调落实扶持政策;指导农业社团工作。(十三)特色农产品开发处。拟订特色农产品开发规划和政策措施;组织协调特色农产品开发,指导特色农产品发展;组织蚕种的质量监督、检验、登记工作。(十四)种植业局。拟订种植业发展的政策、规划、计划并组织实施;指导种植业结构布局调整和标准化生产,拟订并组织落实种植业发展的重大技术措施;拟订耕地保护、补偿与改良的政策措施,承担耕地质量管理和发展节水农业的相关工作;组织指导救灾备荒种子等生产资料的储备、安排;承担农作物种子、农药、化肥有关管理工作;协调农作物种子及其资源的品种审定和进出口审查,指导农业植物内检,组织农作物重大病虫害防治工作。(十五)渔业局(省渔政局)。拟订渔业发展的政策、规划、计划并组织实施;指导渔业标准化生产和健康养殖,拟订并组织落实渔业发展的重大技术措施,保护和合理开发利用渔业资源;组织指导水生动植物病害防控和鱼药使用的监管工作,组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护;指导水产品加工流通;组织渔政、渔港监管及渔船检验和渔业经济统计工作,指导渔业安全生产工作。(十六)农产品质量安全监管处。承担农产品质量安全监管工作,拟订农产品质量安全监管的政策措施和体系建设规划并组织实施;组织拟订地方农业生产技术标准并指导实施;监测并发布有关农产品质量安全信息;组织协调农业投入品质量监管工作;依法指导农产品质量认证管理;指导农产品质量安全检验检测体系建设。(十七)农村能源办公室。承担农业生态建设和农村可再生能源综合开发与利用的有关工作;指导农业生物质产业发展和农村节能减排工作;承担农业面源污染控制和治理工作,指导农业生态环境建设,促进生态农业和循环农业的发展。(十八)省畜牧兽医局(省饲料工作办公室)。拟订畜牧业发展的政策、规划、计划并组织实施;指导畜牧业结构调整、标准化生产和规模饲养;拟订并组织落实畜牧业发展的重大技术措施;组织实施畜禽遗传资源、饲料资源、草地资源的保护工作;承担畜禽遗传资源、牧草种子、兽药、饲料和饲料添加剂的有关监管工作,承担饲料生产企业设立条件和动物源性饲料安全卫生审查工作;负责动物防疫、检疫和重大动物疫病防控,监测疫情并组织扑灭;负责兽医医政、兽医器械、兽用生物制品、兽医实验室生物安全监管和畜牧业统计工作。省畜牧兽医局设综合处、兽医处、畜牧处,均为副处级建制。离退休工作处负责机关离退休人员的服务管理工作,指导直属单位离退休人员的服务管理工作。机关党委负责机关和直属单位的党群工作。省纪委(监察厅)派驻省农业委员会纪检组(监察室)按照《省纪委省委组织部省编办省监察厅关于对省纪委省监察厅派驻机构实行统一管理的实施意见》的规定履行职责。
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